毛細管電泳系統主要用于生物大分子（多肽、蛋白質）、多糖、中藥活性組份和其它天然產物的分析以及微量制備。儀器自動進樣并自動收集分離組分。配有先進的數據處理系統。

　　毛細管電泳是一種在空芯的、極微小內徑的毛細管中進行的液-液相大、小分子的高效蛋白分離技術。毛細管兩端分別浸入緩沖液中，而緩沖液中分別插入連有高壓電源的電極，根據被分離物之間電荷和體積的不同，帶電荷分子朝相反極性的電極方向移動。又利用毛細管內壁上的電荷和應用的勢能而引起的電解質移動，毛細管內表面帶有硅羥基基團，當毛細管內充滿緩沖溶液時，毛細管壁上的硅羥基發生解離，生成氫離子溶解在溶液中，這樣就使毛細管壁上形成雙電層，管壁是負電荷層，溶液是正電荷層。在毛細管的兩端加上直流電場后，帶正電的溶液就會整體向負移動，形成了電滲流。無論是帶正電、帶負電或不帶電的粒子，都在電滲流的作用下，向陰極遷移，帶正電的，受到同方向的電場力作用，遷移最快，不帶電的遷移速度次之，帶負電的遷移速度最慢，（因為它受到與電滲流反方向的電場力作用），從而實現各蛋白組分的分離。

　　在毛細管電泳中，樣品分子的遷移是有效電泳淌度和電滲流淌度的綜合表現，這時的淌度稱為表觀淌度。在多數的水溶液中，石英（或玻璃）毛細管表面因硅羥基解離會產生負的定域電荷，產生指向負極的電滲流。在毛細管中電滲速度可比電泳速度大一個數量級，所以能實現樣品組分同向泳動。正離子的運動方向和電滲和電泳一致，因此它應最先流出。中性分子與電滲流同速，隨電滲而行。負離子因其運動方向和電滲相反，在中性粒子之后流出。電滲流與pH的關系十分密切。電滲受Zeta電勢的影響，Zeta電勢由毛細管壁表面的電荷決定，而電荷又受到緩沖溶液的pH值影響，所以電滲流的值是緩沖溶液的pH值的函數，一般隨pH值的增大而增大，到中性或堿性時，其值會變得很大。此外，任何影響管壁上解離的因素，如毛細管洗滌過程、電泳緩沖液組成、粘度、溫度等都會影響或改變電滲流。電磁場以及許多能與毛細管表面作用的物質如表面活性劑、蛋白質等，都可以對電滲流產生很大影響。